Naikan ist sehr simpel in seiner Methodik. Die Naikan-TeilnehmerInnen ziehen sich für eine bestimmte Zeit – in der klassischen Form für eine Woche – von all ihren Verpflichtungen zurück und begeben sich an eine ruhigen Ort. Naikan-Zentren, wie etwa unser Neue Welt Institut bieten dafür eine ideale Umgebung. Naikan kann aber auch in einem Einzelzimmer eines Hotels oder in einem Seminarraum absolviert werden. Und sogar eine unbegleitete Selbst-Entwicklungsarbeit mit Naikan ist möglich und wird praktiziert.

Nacheinander werden wichtige Beziehungen und Lebensthemen wie Arbeit, Verfehlungen, Umgang mit der ökonomischen Basis usw. angesehen – immer in meditativer Ruhe, nur unterbrochen durch kurze Interviews mit dem Naikan-Leiter, der Naikan-Leiterin. Darin werden die Ergebnisse der Selbstbetrachtung mitgeteilt, aber von den Leitern weder kommentiert noch analysiert. Das Kernstück der Naikan-Methode sind 3 Fragen, die auf die Betrachtungsobjekte hin angewendet werden.